Gli Agalloch nacquero grazie a John Haughm e Shane Breyer, e prendono il loro nome dall'Aquilaria Agallocha, un tipo di legno resinoso molto profumato. All'inizio del 1996 vennero composti alcuni brani, e durante l'estate si unì Don Anderson per rifinire il materiale prodotto. Queste canzoni vennero successivamente pubblicate nella demo From Which of This Oak nell'autunno dello stesso anno. La pubblicazione mostrava una certa influenza black metal, mischiato con elementi che sarebbero stati utilizzati negli album successivi in differenti forme. Poco dopo aver registrato la demo, al gruppo si unì Jason William Walton come bassista.
Nel 1998, il gruppo registrò una demo promozionale per sole etichette discografiche. Questa demo catturò l'attenzione della The End Records, che gli offrì un contratto, dal quale scaturì l'album Pale Folklore. L'album presentava meno influenze black metal rispetto a prima, le canzoni della precedente demo furono rifinite, e furono aggiunti elementi folk e neoclassici. L'album incontrò il favore della critica. Finita la registrazione, Breyer lasciò il gruppo.
Dopo un periodo di pausa, il gruppo pubblicò un EP di materiale inedito del periodo 1998-2001 intitolato Of Stone, Wind and Pillor, presentando elementi neoclassici e sperimentali e una voce meno distorta. L'EP includeva inoltre una cover della band neofolk Sol Invictus, "Kneel To The Cross", che successivamente sarebbe anche stata pubblicata su Sol Lucet Omnibus, una compilation di tributo ai Sol Invictus organizzata dall'etichetta francese Cynerfierrd.
Tra il 2001 e il 2002 gli Agalloch registrarono The Mantle, che presentava nel libretto fotografie di statue e fontane presenti nella downtown di Portland. Quest'album ha qualche influenza post-rock, la voce non distorta e una strumentazione presa dalla musica marziale. L'album segnò un cambiamento nell'attenzione della critica verso gli Agalloch, che fecero diverse interviste con magazine in vista.
In seguito alla pubblicazione di The Mantle, gli Agalloch fecero il loro primo concerto il 6 marzo 2003 a Portland, in Oregon. [1] A questo ne seguirono altri in marzo e un tour nella costa ovest degli Stati Uniti in maggio.
Nel 2003 fu pubblicato Tomorrow Will Never Come e nel 2004 fu pubblicato The Grey. Questi EP mostrarono il lato più sperimentale degli Agalloch. Gli Agalloch suonarono una serie di concerti nella costa est durante il 2004, alcuni dei quali a Toronto, in Canada. Sempre nel 2004 fu pubblicato uno split con la band finlandese Nest, mettendo in luce il lato neofolk degli Agalloch.
L'8 agosto 2006 fu pubblicato Ashes Against the Grain sempre dalla The End Records, dando meno peso alle chitarre acustiche rispetto a The Mantle e più importanza alle chitarre distorte, in modo da dare all'album un sound diverso rispetto a quello dei precedenti.
La musica degli Agalloch presenta un alternanza di tracce vocali e tracce strumentali. Nonostante gli Agalloch siano spesso catalogati nei generi folk e doom metal, la loro musica contiene diverse influenze, come neofolk, dark ambient, post-industrial e post-rock. Temi comuni nei testi degli Agalloch sono la bellezza naturale e il paganesimo.
In un'intervista del 1999 fatta da Dan Tobin a Jason William Walton e a John Haughm [2], i membri della band hanno citato tra le loro influenze gruppi come Katatonia, Ulver, The 3rd and the Mortal, Swans, and Godspeed You! Black Emperor.
Che gruppo,ho ascoltato finora solo pale folklore e Ashes against the grain,due capolavori soprattutto il secondo.Riescono a creare delle atmosfere nostalgiche e surreali,poi ascoltarli con il cielo nuvoloso e scuro aumenta di molto la godibilità.Mostruose le due canzoni (divise enrambe in 3 parti) She painted fire across the skyline e Our fortress is burning
I'm in hell without you
Cannot cope without you two
Shocked at the world that I see
Innocent victim, please rescue me